A pesar de la gran distancia de la ciudad del mar, los barcos fueron durante siglos uno de los medios de carga y transporte más utilizados en Bolonia, ya que una densa red de canales permitía llegar a todos los centros principales de la llanura hacia Ferrara y hasta la costa, además de conectar con el Po e incluso llegar a Venecia.
Los canales servían de ruta para el transporte de mercancías y personas, y en épocas en las que los caminos eran lentos y accidentados la posibilidad de proceder en barcaza era una alternativa válida, muy cómoda y práctica incluso para los viajes largos. Por lo tanto, había muelles y almacenes en Bolonia, pero todos fuera de los límites de la ciudad.
A lo largo de los siglos, el puerto principal se fue acercando a la ciudad y en 1578 se iniciaron las obras de construcción del puerto definitivo dentro de las murallas, detrás de Porta Lame. El proyecto fue firmado por el Papa Pablo III y encargado a Jacopo Barozzi, el Vignola, y fue una obra que transformó la zona de la actual Via del Porto en un verdadero centro comercial urbano.
Junto con los muelles y las dársenas, se crearon almacenes, zonas para el mantenimiento de los barcos e incluso la aduana, así como lugares públicos.
El puerto de Bolonia funcionó durante siglos con ampliaciones y mejoras, como el almacén de sal construido a finales del siglo XVIII, la Salara, que sigue siendo uno de los símbolos de la ciudad del agua.
