Malgrado la grande distanza dalla città del mare, le barche sono state per secoli mezzi di carico e di trasporto tra i più utilizzati a Bologna, dato che una fitta rete di canali permetteva di raggiungere tutti i principali centri della pianura verso Ferrara e fino alla costa, oltre a collegarsi con il Po e raggiungere anche Venezia.
I canali servivano come via per il trasporto di merci e di persone, e in epoche nelle quali le strade erano lente ed accidentate la possibilità di procedere su barconi era una valida alternativa, molto comoda e pratica anche per lunghi percorsi. Esistevano quindi attracchi e magazzini a Bologna, ma tutti al di fuori della cerchia cittadina.
Durante i secoli il porto principale fu avvicinato alla città e nel 1578 iniziarono i lavori di costruzione del porto definitivo dentro le mura della città, dietro Porta Lame. il progetto ottenne la firma di papa Paolo III e fu affidato a Jacopo Barozzi, il Vignola, e fu un’ opera che trasformò la zona dell’attuale Via del Porto in un vero e proprio centro commerciale urbano.
Insieme agli attracchi e alle darsene furono creati infatti magazzini di stoccaggio aree per la manutenzione delle barche e anche la dogana, oltre a locali pubblici.
Il porto dentro Bologna funzionò per secoli con aggiunte e migliorie, come il deposito del sale costruito alla fine del XVIII secolo, la Salara, che è ancora oggi uno dei simboli della città delle acque.