Malgré la grande distance de la ville de la mer, les bateaux ont été pendant des siècles parmi les moyens de cargaison et de transport les plus utilisés à Bologne, car un réseau dense de canaux permettait de rejoindre tous les principaux centres de la plaine vers Ferrare et jusqu'à la côte, ainsi que de se connecter au Pô et même d'atteindre Venise.
Les canaux servaient de voie de transport pour les marchandises et les personnes, et à une époque où les routes étaient lentes et irrégulières, la possibilité de se déplacer en péniches était une alternative valable, très pratique et rentable même pour les longs trajets. Il y avait donc des docks et des entrepôts à Bologne, mais tous en dehors des limites de la ville.
Au fil des siècles, le port principal a été rapproché de la ville et en 1578, les travaux de construction du dernier port à l'intérieur des murs de la ville, derrière la Porta Lame, ont commencé. Le projet a été signé par le pape Paul III et confié à Jacopo Barozzi, le Vignola, et c'est une œuvre qui a transformé la zone de l'actuelle Via del Porto en un véritable centre commercial urbain.
Outre les docks et les bassins, des entrepôts de stockage, des zones pour l'entretien des bateaux et même le poste de douane ont été créés, ainsi que des lieux publics.
Le port intérieur de Bologne a fonctionné pendant des siècles, avec des ajouts et des améliorations, comme l'entrepôt de sel construit à la fin du XVIIIe siècle, la Salara, qui est toujours l'un des symboles de la ville d'eau.